Stefan Schwabeneder begann als Moderator bei Radio Fantasy in Augsburg und moderierte dort zwischen 1987 und 1992. Parallel baute er die „Fantasy’s Finest“ auf – eine Syndication-Chartshow, die auf einigen bayerischen Radiostationen übernommen wurde, woraus sich später die „Network Charts“ entwickelten. Danach wechselte er zwischen 1992 und 1995 zu Radio Gong 96,3 nach München und moderierte dort die Mittagssendung „Funkkantine“ und sonntags „Start ins Glück“. Von 1995 bis 1998 übernahm Schwabeneder die Moderation (in Doppelmoderation mit Alexander Wohlrab) der Morningshow "Frühstüxradio" bei Radio Fantasy in Augsburg. Die nächsten Stationen waren der ORF "Hitradio Ö3" in Wien als Programmgestalter, Comedyautor und Produzent, Antenne Bayern als Comedyautor und Moderator und Klassik Radio in Hamburg, wo er von 2004 bis 2006 als Programmchef für Klassik Radio deutschlandweit verantwortlich zeichnete.
Seit 2006 arbeitet Schwabeneder bei BAYERN 3 in der Comedyabteilung und moderierte dort von 2008 bis Mai 2013 wöchentlich „Schwabeneder & Friends – die große Samstagabendshow“. Momentan kann man Schwabeneder jeden Samstagvormittag von 9-12 Uhr in BAYERN 3 hören. Zusammen mit Stefan Kreutzer blickt er satirisch auf die Woche zurück: „DIE STEFANS – die schräge Show am Samstagvormittag“. 2015 erhielt er für "Die Stefans" den Deutschen Radiopreis in der Kategorie "Beste Sendung".
2016 entwickelte er zusammen mit Comedyautorin Doris Müller die neue Radio-Comedyserie "Future Family", die jeden Morgen bei BAYERN 3 zu hören ist.
2019 wechselte Stefan Schwabeneder zum privaten Mitbewerber ANTENNE BAYERN und übernahm dort bis 2021 den Head Of Comedy. Seit 2022 baut er die neue Radio Marke OLDIE ANTENNE innerhalb der Antenne Bayern Group auf, verantwortet dort sowohl Musikauswahl als auch die redaktionellen Inhalte und moderiert täglich die Mittagssendung der Oldie Antenne.